Nasce em 1580 perto de Barcelona numa família de camponeses espanhóis. Bom aluno, faz os seus estudos nos Jesuítas antes de entrar aos 20 anos no noviciado da Companhia de Jesus. Enviam-no para o convento de Maiorca onde cria laços de amizade com o irmão Alphonse Rodriguez, que lhe fala das Américas. Cresce então nele o desejo de partir em missão para o Novo Mundo.
Chega em 1610 à Colômbia, a Cartagena, onde se torna padre. Neste porto desembarcam centenas de escravos negros, amontoados em porões de navios negreiros. São tratados como animais. Desde 1605, um jesuíta, o padre Alonso de Sandoval defende a sua causa.
Pedro Claver continua a sua ação. Alimenta-os, cuida deles, veste-os, consola-os, evangeliza-os. Dedica-se também aos condenados à morte e a todos os mais infelizes. Morre, esgotado física e moralmente, atingido pela peste a 8 de Setembro de 1654. Está sepultado em Cartagena. Foi canonizado em 1887.
É chamado o apóstolo das Índias ocidentais e o escravo dos escravos. Celebramo-lo a 9 de Setembro.